Löst. Efter att ha testat nästan alla möjliga prestandamått och undersökt varje kodbit upptäckte jag att felet orsakades av lite föråldrad databaskod. Huvudproblemet orsakades av kod som använde:
SqlConnection.ClearPools;
För framtida referens, alla andra utvecklare som vill felsöka sin kod och hantera anslutningspooler, kan en utmärkt resurs hittas här:http://www.codeproject.com/KB/dotnet/ADONET_ConnectionPooling.aspx