Så efter fortsatt arbete får jag nu unicode-tecken till python. Tyvärr är lösningen jag har snubblat på ungefär lika tillfredsställande som att kyssa din kusin.
Jag löste problemet genom att installera paketen python3 och python3-dev och sedan bygga om pyodbc med python3.
Nu när jag har gjort detta fungerar mina skript nu även om jag fortfarande kör dem med python 2.7.
Så jag vet inte vad som fixades genom att göra detta, men det fungerar nu och jag kan gå vidare till projektet jag började med.