Jag har haft samma problem som du har haft för ungefär ett år sedan. Ta en titt på svaren här, det finns några bra förslag från folk där inne:CodeIgniter MSSQL-anslutning
Dessutom postades en tråd här för några dagar sedan:CI-anslut till SQL SERVER - kolla in mitt svar där också, eftersom det har löst problemet för just den utvecklaren.