Du kan använda detta:http://www.ozerov.de/bigdump/
Eller
Använd detta kommando för att dela upp sql-filen
split -l 5000 ./path/to/mysqldump.sql ./mysqldump/dbpart-
Kommandot split tar en fil och delar upp den i flera filer. -l 5000-delen säger åt den att dela upp filen var femte tusen rader. Nästa bit är sökvägen till din fil, och nästa del är sökvägen du vill spara utdata till. Filer kommer att sparas som vilket filnamn du än anger (t.ex. "dbpart-") med en alfabetisk bokstavskombination tillagd.
Nu bör du kunna importera dina filer en i taget genom phpMyAdmin utan problem.
Mer information http://www.webmaster-source.com/2011/09/26/how-to-import-a-very-large-sql-dump-with-phpmyadmin/