Som nämnts i kommentarerna kan du använda mysqldump på följande sätt.
mysqldump --user=... --password=... --host=... DB_NAME --where=<YOUR CLAUSE> > /path/to/output/file.sql
Om du vill att detta ska finnas i din php-fil kan du göra följande
exec('mysqldump --user=... --password=... --host=... DB_NAME --where=<YOUR CLAUSE> > /path/to/output/file.sql');