Front-end-verktyg som phpMyAdmin häftar ofta på en LIMIT klausul för att paginera resultat och inte krascha din webbläsare eller app på stora tabeller. En fråga som kan returnera miljontals poster, och som på så sätt tar mycket tid, kommer att köras snabbare om den är mer begränsad.
Det är inte riktigt rättvist att jämföra en begränsad fråga mot en komplett, hämtningstiden kommer att vara betydligt annorlunda. Kontrollera att båda verktygen hämtar alla poster.