Öka din phps minnesgräns och skripttid, det beror på att du kör mysql-instruktionen via php-servern.
Kontrollera din php.ini-fil för denna vars:
memory_limit
max_execution_time
Men jag skulle i alla fall göra det genom mysql-klienten (terminalen), kolla mysql doc
LOAD DATA LOCAL INFILE '/path/to/your/csv/file/csv_file.csv' INTO TABLE database_name.table_name FIELDS TERMINATED BY ',' ENCLOSED BY '"' LINES TERMINATED BY '\n';
Mysql-dokumentation - Ladda datainfilsyntax PHP-dokumentation - Ini-kärninställningar