Du kan använda updateMany() metoder för mongodb för att uppdatera flera dokument
Enkel fråga är så här
db.collection.updateMany(filter, update, options)
För mer dokument av uppdateMany läs här
Enligt ditt krav uppdaterings koden blir så här:
User.updateMany({"created": false}, {"$set":{"created": true}});
här måste du använda $set eftersom du bara vill ändra skapad från sant till falskt. För ref. Om du vill ändra hela dokumentet behöver du inte använda $set