Du kan använda annan syntax än den du försöker som ger samma resultat men som inte stöter på begränsningen i SERVER-3544.
Använd denna syntax:
db.collection.find({ "unusual": {"$elemMatch":{"defindex":363,"_particleEffect":{"$in":[6,19]} }} })
Detta kommer att matcha alla dokument som har ett array-element med både 313 och antingen 6 eller 19.
Det fungerar även med {$in:[]} för både defindex och _particleEffect, så länge du tänker matcha valfri kombination av de två listorna.
db.collection.find({ "unusual": {"$elemMatch":{"defindex":{"$in":[313,363]},"_particleEffect":{"$in":[6,19]} }} })