Mongoose - find():objekt i sökalternativen fungerar inte

Det verkar ganska troligt med tanke på din användning av elipsis i din schemalista att det finns fler egenskaper än isDeleted under metadata fast egendom. Så ditt objekt bör vara:

var searchOptions = { "metadata.isDeleted": false } };

Anledningen till detta är att frågan annars letar efter ett dokument med "exakt" och "bara" egenskaperna namngivna under metadata nyckel:

var searchOptions = { metadata: { isDeleted: false } };

Och när så inte är fallet, så finns det naturligtvis ingen match.