Först och främst måste du öppna en slutpunkt på din server. Mongodb är en databas och därmed kan du komma åt den från din backend, genom att implementera en controller eller något liknande. Sedan kan du göra ett API-anrop till den slutpunkten.
$scope.del = function(data) {
$http.post('/records/' + data.id + '/delete')
.then(function(){
.... the rest of your angular code goes here
})
};