Du har rätt i att bulk-API:et endast fungerar på enskilda samlingar.
Det finns ingen specifik anledning men API:erna i allmänhet är insamlingsomfattade så en "cross-collection bulk insert" skulle vara en designavvikelse.
Du kan naturligtvis ställa in flera bulk-API-objekt i ett program, vart och ett på olika samlingar. Tänk på att även om detta inte skulle vara transaktionsmässigt (i bemärkelsen startTrans-commit-rollback), så är det inte heller massinsättning.