Jag löste problemet, jag borde ha tillämpat $match före och efter $unwind :
Aggregation.match(Criteria.where("alertsources.date_creation").regex(".*"+date+".*")),
Aggregation.match(Criteria.where("descA").is(alertName)),
//regex(".*"+date+".*")
Aggregation.unwind("alertsources"),
Aggregation.unwind("descA"),
Aggregation.match(Criteria.where("alertsources.date_creation").regex(".*"+date+".*")),
Aggregation.group().count().as("count")
All ära går till @Neil Lunn , efter att ha gjort research hittade jag hans ursprungliga svar i frågan.