Hur anpassar man MongoRepository utan att åsidosätta de kommenterade @Query-metoderna i gränssnittet?

Du måste dela upp ditt förvarsgränssnitt i två.

Den första - "Anpassad" som innehåller metoder som du implementerar manuellt skulle vara:

public interface TopRepositoryCustom {
    long getPublishedTopoCount();
}

Andra för genererade metoder:

public interface TopRepository extends MongoRepository<Topo, String>, TopRepositoryCustom {
    @Query("{'name':?0}")
    Topo findByName(String name);  
}

Sedan behöver du bara implementera första arkivet och komma ihåg att följa korrekt namnkonvention. Se mer på:spring-data mongodb anpassad implementering PropertyReferenceException och Spring Data MongoDB Referens för anpassade implementeringar