Om reparationen inte fungerar har du tyvärr ingen tur.
Jag antar att du inte har aktiverat journalföring eller några säkerhetskopior. Jag rekommenderar starkt att du kör med journalföring aktiverad och följer en av de säkerhetskopieringsstrategier som beskrivs här . LVM-ögonblicksbilden är lätt att implementera, ganska snabb och pålitlig.
Du är bättre att köra MongoDB på ett 64-bitarssystem också. 32-bitars begränsar dig till 2 GB data . Du säger att du "har slut på utrymme"?