Bakom scenen är en mungodejt precis som ett date i javascript :den lagrar timmar, sekunder etc... Det finns ingen skillnad på datum/datumtid som i SQL. In för en slant, in för ett pund. Som sagt, det är bara en fråga om visning.
Anledningen är att mongo inte stöder denna typ av typ. Du kan skapa ett objekt med år/månad/dag egenskaper men det skulle vara jobbigt att hantera.