Använd aggregering i mongodb för att utföra uppdateringar efter frågematchningar

Fortfarande inte 100% säker på vad du försöker, men detta kommer att skapa ett resultatdokument av längd 1, med distinkta värden för alla matchningar av brand_ids.

Sedan, i resultatet, itererar den genom alla varumärken och tar bort dem från din brand_ids-array.

couponmodel.aggregate(
    { $match: { "brand_id": { $in: brand_ids } } },
    { $group: { _id: null, brands: { $addToSet: "$brand_id" } } },
    function(err, doc) {
        doc.brands.forEach(function(brand) {
            var idx = array.indexOf(brand);
            if (idx > -1) {
                brand_ids.splice(idx, 1);    
            }
        });
    }
)