Jag är inte säker på om detta gäller ditt exakta fall men jag hade en mycket liknande situation med mycket tid som slösades bort i ClassUtils.forName() och ClassLoader.load() .
Jag har inspekterat situationen under felsökaren och grundorsaken i mitt fall var att klassen jag försökte deserialisera dokumentet till hade flyttats till ett annat paket. I det här fallet kan Spring Data inte cache-typ information korrekt och utfärdar en långsam och dyr ClassLoader.load() på den kvarstående _class fältet för varje dokument !
Naturligtvis är denna klassladdning dömd att misslyckas eftersom den refererar till en klass som inte längre finns på den plats som är lagrad i _class dokumentets fält.