I din fråga som fungerar, $elemMatch objekt är inte ett annat frågevillkor, utan är parametern för val av utdatafält (dvs projektion) för att find .
För att göra samma sak i Mongoose, skulle du göra något i stil med:
PatientsModel.find({patientId: '123'}, {diet: {$elemMatch: {'status': 'A'}}}, cb)
ELLER
PatientsModel
.where('patientId', '123')
.select({diet: {$elemMatch: {'status': 'A'}})
.exec(cb);