Jag kan inte tala för det i förhållande till MongoDB, men i SQL-databas, nej, det är inte bästa praxis. Det betyder inte att det kanske inte finns enstaka användningsfall, men "bästa praxis", nej.
Lagra dem som datum, hämta dem som datum. Det bästa är att ställa in din databas för att lagra dem som UTC (löst, "GMT") så att data är portabel och du kan använda olika lokala tider efter behov (till exempel om databasen används av geografiskt olika användare) , och hantera eventuella konverteringar från UTC till lokal tid i applikationslagret (t.ex. via Calendar eller ett tredje parts datumbibliotek).
Att lagra datum som siffror innebär att din databas är svår att rapportera mot, köra ad hoc-frågor mot, etc. Jag gjorde det misstaget en gång, det är inte ett jag kommer att upprepa utan en verkligen bra anledning. :-)