JSON.stringify tar normalt inte bort tomma objekt, så detta är mungospecifikt.
Jag rekommenderar att du försöker .toObject() eller .toJSON()
http://mongoosejs.com/docs/api.html#document_Document-toObject
Den här kommer att anropas under .stringify så det är förmodligen det som skär ut de tomma objekten.http://mongoosejs.com/docs/api.html#document_Document-toJSON
Så prova detta först:
JSON.stringify(obj.toObject());