Eftersom underdokument i princip bara är fält i huvuddokumentet är alla uppdateringar av dem också atomära.
MongoDB har transaktioner per dokument och det gäller hela dokumentet, inklusive dess underdokument.
Det bör noteras att inte bara findAndModify är atomär. Vilken operation som helst på ett enskilt dokument, oavsett om det är update() eller remove() är atomär.