För att göra detta med Java-drivrutinen kan du göra följande:
DBObject queryForElem = new BasicDBObject("array", new BasicDBObject("$elemMatch", new BasicDBObject("id", "3456")));
DBObject updateMatchingElem = new BasicDBObject("$set", new BasicDBObject("array.$.Y", "1"));
coll.update(queryForElem, updateMatchingElem);
Med tanke på att det är lite otympligt kan du använda QueryBuilder istället, vilket ger dig lite mer läsbarhet:
DBObject queryForElem = QueryBuilder.start("array").elemMatch(new BasicDBObject("id", "3456")).get();
DBObject updateMatchingElem = new BasicDBObject("$set", new BasicDBObject("array.$.Y", "1"));
coll.update(queryForElem, updateMatchingElem);