kan inte fråga över ListField(EmbeddedDocumentField)

Du skulle behöva göra en $elemMatch [1] fråga och det finns inget inbyggt stöd för det i mongoengine för närvarande. Du måste göra en rå fråga som så:

Agent.objects.filter(
    name='ashraf',  
    __raw__={"skills": {
        "$elemMatch": {
            "level": {"$gt": 5}, 
            "name": "Computer Skills"
        }
    }}
)

[1] http://www.mongodb.org/display /DOCS/Advanced+Queries#AdvancedQueries-%24elemMatch