Du behöver faktiskt inte MangoDB-modulen för Kohana som du länkade till. Du kan bara använda PHPs MongoDB Native Driver. Mongo-frågespråket är ganska enkelt, om du kan lite MySQL så skulle den här sidan hjälpa...
http://www.php.net/manual/en/mongo.sqltomongo .php
Här är ett exempel med drivrutinen, den ansluter, startar och infogar i en ny samling och väljer sedan alla data i samlingen...
$m = new Mongo();
$db = $m->my_database;
$db->my_new_collection->insert(array("a" => 1, "b" => 1));
$found_data = $db->my_new_collection->find();
Se mer på http://www.php.net/manual/en/ mongo.manual.php
Om du vill använda MangoDB så föreslår jag att du läser koden och kollar kohana-forumen för information om den.
http://forum.kohanaframework.org/search?Search=mangodb