Om du använder en databas per användare och det inte finns något dataflöde mellan databaser, så finns det ingen gräns, eftersom du alltid kan lägga en viss fet klients databas på sin egen server.
Om du pratade om sharded cluster, så tror jag igen att du mår bra. Ju fler databaser du har, desto mer minneskonfigurationsservrar kommer att använda. När config-servern växer ur sin maskin, vet du att du har en hel del databaser.