Jag kan bekräfta att det definitivt är något med operativsystemet eftersom jag har uppdaterat och stöter på samma exakta problem också. Jag håller på att gräva i det för närvarande, om jag hittar något ska jag meddela dig!
UPPDATERING:
Efter att ha undersökt lite verkar det som att det har att göra med Go-beroendet som MongoDB använder. För närvarande använder MongoDB v1.4.2. Det visar sig att det finns problem med äldre versioner av Go på macOS Sierra. https://github.com/golang/go/issues/16570 förklarar att problemet är löst med v1.7. Såvida det inte finns ett sätt som du kan få MongoDB att peka på Go v1.7 är jag inte säker på om detta kommer att lösas förrän MongoDB uppgraderar sina beroenden.
UPPDATERING 2: Jag planerade att skicka in ett fel med MongoDB om problemet tills jag snubblade över det här... https://jira.mongodb.org/browse/TOOLS-1450 . Det verkar som att MongoDB 3.2.10 kommer att använda Go v1.7 och borde fixa de problem som du och jag ser.