Konventionen jag använder och jag har sett i de flesta projekt med öppen källkod (inklusive Spring et al) är att placera alla icke-java-filer under en resurskatalog, under en beskrivande katalog:
module-root/
src/
main/
java/
(Java sources go here)
resources/
log4j.xml
spring/ (spring xmls go here)
sql/ (sql scripts go here)
mongo/ (<-- seems like a good place for mongoDB functions)
test/
unit/
java/ (unit test java sources go here)
resources/ (unit test specific resources - usually none)
integration/
java/ (integration test java sources go here)
resources/
spring/ (usually an ITestAssembly.xml goes here)
Byggfilen packar sedan resurserna i en resursburk, som distribueras tillsammans med alla andra burkar.