C#-drivrutinen (eller någon annan drivrutin) är inte avsedd att "direkt" köra mongo-skalkommandon. Det är vad skalet är till för. Vad du behöver göra är att översätta mongo-skalkommandona till motsvarande C#-satser.
Om du vill köra mongo-skalkommandon kör du dem i mongo-skalet.