En stor risk med SQLite-metoden är att när dina krav på skalning ökar, kommer du inte att (enkelt) kunna distribuera på flera applikationsservrar. Du kanske kan dela upp dina användare i separata servrar, men om den servern skulle gå ner skulle du ha en delmängd användare som inte kunde komma åt deras data.
Att använda MongoDB (eller någon annan centraliserad tjänst) lindrar detta problem, eftersom dina webbservrar är tillståndslösa -- de kan läggas till eller tas bort när som helst för att tillgodose webbbelastningen utan att behöva oroa dig för vilken data som finns var.