Jag hade exakt samma problem. Jag öppnade en CSV-fil i Excel för att massera den och spara den igen. När jag försökte importera den till Mongo med kommandot "mongoimport" fick jag samma felmeddelande att jag hade identiska värden. Jag kontrollerade kolumnrubrikerna om och om igen för att se till att det inte fanns några identiska värden.
Jag försökte så småningom spara om filen från Excel med alternativet "Windows kommaseparerad (.csv)" från rullgardinsmenyn Format istället för standardinställningen "Comma Separated Values (.csv)" som finns i avsnittet "Common Format".
Fungerade perfekt.