Jag försökte sammanfoga det regex och sedan skicka det till mongo-frågan i motsats till att regexa det i frågan tillsammans med att ta bort citattecken och det verkade fungera. hoppas det hjälper någon annan som har stött på liknande problem
$cats = ['news', 'life', 'humor'];
foreach($cats as $cat){
$prefix = '/^';
$suffix = '/'; // prefix and suffix make up the regex notation for text that starts with
$category = $prefix . 'www.foo.com/' . $cat . $suffix;
$articles = db()->articles->find(['link' => array('$regex'=>new MongoRegex($category))]);
}