För vad det är värt är min faktiska inställning så här, tills jag hittar (eller hittar) något klart bättre:
lib
db
index.js
model.js
...
handler
index.js
whateverMakesSenseForMyParticularWebSite.js
...
router
index.js
model1RestRoutes.js
model2RestRoutes.js
iuRoutes.js
...
config.js (or a folder with multiple files if it makes sense)
server.js (main)
public
css
img
js
test
...
views
...
Så ja, modeller, vyer, men jag gör separata rutter och faktiska hanterars implementering. Frånkoppling, beroendeinjektion hela vägen. Mycket mer testbar/förlöjligande.