Min gissning är att antingen matas svaret ut som vanligt binärt som inte är base64-kodat (fortfarande en buffert) eller så är det ett komprimerat (gzip) svar som måste okomprimeras först.
Svårt att lokalisera problemet utan att se koden dock.
UPPDATERING:
Det verkar som om du saknar rätt svarsrubriker.
Försök att ställa in dessa rubriker före downloadStream.pipe(res)
:
res.setHeader('Content-disposition', 'attachment; filename=test.pdf');
res.set('Content-Type', 'application/pdf');