Jag har funderat på att använda dessa två tillsammans ett tag eftersom min data redan finns i mongodb. Men jag vill inte lägga till ytterligare en DB-topp av den befintliga arkitekturen, eftersom tillägg av neo4j kommer att kräva mer resurser t.ex. minne, diskutrymme och för att inte tala om tid som investerats i att underhålla 2 DBs.
Ett annat problem som jag kan komma på är när du skär dina data med mongodb, du måste också hantera din neo4j-data w.r.t. dessa nya skärvor. Skalning i neo4j görs genom kluster och det är en del av företagsutgåvan som är kommersiell.
Jag gjorde ytterligare efterforskningar och fick reda på att OrientDB kan lagra data som dokument och det är en graf db.
Ett annat sätt är att bygga relationerna i själva MongoDB och skriva din logik ovanpå det och exponera denna logik genom ett REST API.