Först av allt, förstå att JSON bara är en serialiseringsteknik. I och för sig bör denna serialiseringsmetod förmodligen inte avgöra ditt persistensmedium. Om du tittar på din fråga på ytan verkar det som att det du letar efter är en typisk relationslagringsdatabas där du kan använda SQL för att fråga mot dina data på ett flexibelt sätt.
Serialisering/avserialisering av JSON-data för lagring i eller för presentation efter hämtning från en sådan relationsdatabas är trivialt i nästan alla programmeringsspråk.
Om du nu verkligen behöver lagra olika utdrag av JSON-dokument (eller någon annan typ av dokument) som egentligen inte har en fast struktur, är det egentligen då du vanligtvis skulle börja titta på en lösning av NoSQL-typ som MongoDB. Ett annat möjligt sådant scenario för att använda de mer populära NoSQL-databaserna är när du har att göra med enorma mängder data och behöver skala horisontellt (dvs. data är så stor att du behöver skala databasen över flera servrar). Många NoSQL-system gör detta mycket lättare att göra än traditionella relationsdatabas. Naturligtvis i ett sådant scenario skulle du sedan behöva utvärdera dessa verktyg baserat på den funktionalitet de tillhandahåller för att låta dig läsa, skriva och fråga data på det mest användbara sättet för dina användningsfall.