Lyckligtvis mongodump 3.0 accepterar alternativ för att hoppa över vissa samlingar.
Detta löste mitt problem att inte ha administratörsåtkomst till databasen för att justera behörigheter. Tänk på att du inte kommer att skapa fullständiga säkerhetskopior längre.
mongodump --excludeCollection=system.indexes
eller
mongodump --excludeCollectionsWithPrefix=system