Ja - du kan använda en variant av strategin som används för att skapa ett nytt index i en replikuppsättning utan stilleståndstid. Detta kräver att den dolda medlemmen tas offline medan indexen/indexen skapas.
Här är länken till strategin:http://docs.mongodb.org/manual/tutorial/build-indexes-on-replica-sets/#procedure
I ditt fall kommer du att ta den dolda medlemmen offline och starta om i ett fristående läge (ta bort --replSet-alternativet och använd ett annat portnummer). När medlemmen är isolerad kan du justera indexen (ta bort onödiga och lägg till nya). När indexen har skapats, starta om medlemmen med den gamla porten och --replSet-alternativet.
Den dolda medlemmen synkroniseras om till replikuppsättningen och du är klar.