Det är troligt att denna fråga är relaterad till följande buggar:
- Avbruten räkningsfråga returnerar 0 som räkningsresultat
- count-kommandot returnerar noll i vissa felfall istället för att rapportera ett fel med ok:false
I mitt fall (mongodb 2.0.1) var det relaterat till databaskorruption. Se be85df7b">be85df7b find().count() bugg?