När det gäller prestanda blir skillnaden i bästa fall liten. På grund av det faktum att dina e-postadresser är unika kommer varje sammansatt index som har ett e-postfält aldrig att vara mer användbart än ett index på enbart e-postadress. Anledningen till detta är att ditt e-postfält redan har maximal kardinalitet för din samling och eventuella ytterligare indexfält kommer inte att hjälpa databasen att filtrera poster snabbare eftersom den alltid kommer fram till rätt dokument med bara e-postfältet.
När det gäller minnesanvändning (vilket är mycket viktigt för databaser som MongoDB) är bara e-postindexet mycket mindre också.
TL;DR :Använd endast indexet på e-postadress.