En sen uppföljning av ovanstående fråga...
Jag hade ett liknande problem efter att ha flyttat db till en ebs på ec2.
Det visar sig att bara att köra mongod fortfarande dirigerar dbpath till /data/db/ (som finns).
/etc/mongodb.conf ignoreras helt om det inte är specifikt riktat till.
Jag lyckas komma runt detta genom att använda direktivet --config eller bara --dbpath (båda fungerar) Men undrade varifrån mongod tar sina standardvärden...?!
Jag kunde inte hitta och åsidosätta dessa standardinställningar någonstans. Någon ?
Obs:Jag är verkligen irriterad över detta beteende hos mongod...Detta är bara dålig design och dålig dokumentation.