Du kanske borde använda "$set" i din uppdateringsfråga så här :
{$set: {"name": req.body.name}}, // Update
Mer information i dokumentationen
REDIGERA
Om det inte fungerar beror det förmodligen på att det inte finns någon matchning med ditt filter.
Du kanske borde försöka matcha med ett ObjectId så här :
var ObjectID = require('mongodb').ObjectID;
// In your request
{ "_id": ObjectID(req.body._id)}, // Filter
Hoppas det hjälper.