Jag har faktiskt svarat på denna mycket liknande fråga förut. Begränsningarna för Map Reduce i MongoDB har beskrivits tidigare - som du nämnde är den entrådig, den måste konverteras till Java Script (spidermonkey) och tillbaka etc.
Det är därför det finns andra alternativ:
- MongoDB Hadoop Connector (officiellt stödd)
- Aggregationsramverket (kräver 2.1+)
När detta skrevs var den stabila versionen av 2.2.0 ännu inte ute, men den var upp till RC2, så releasen borde vara nära förestående. Jag skulle rekommendera att ge det ett försök som en mer meningsfull jämförelse för denna typ av testning.