Jag har också stött på detta problem. Och det orsakades av att uppgradera mongodb utan att stänga mongo-servern.
Nu när du redan har den nya versionen av mongodb (berätta från mongo-skalversionen). Du kan lösa det genom att bara starta om mongod process.
För att starta och stoppa mongoprocessen, se https://docs.mongodb.com/manual/tutorial/manage-mongodb-processes