Ganska säker på att du måste använda ett MongoId objekt, t.ex.
$item = $collection->findOne(array(
'_id' => new MongoId('4e49fd8269fd873c0a000000')));
Anteckningarna på sidan Fråga är lite trubbiga men de nämner...
Om inte användaren har angett något annat är _id-fältet ett MongoId. Det vanligaste misstaget är att försöka använda en sträng för att matcha en MongoId. Tänk på att det här är två olika datatyper och kommer inte att matcha varandra på samma sätt som strängen "array()" inte är samma som en tom array