Det verkar inte finnas något sätt att utesluta ett fält (som _id ) med mongoexport.
Här är ett alternativ som har fungerat för mig på medelstora databaser:
mongo myserver/mydb --quiet --eval "db.mycoll.find({}, {_id:0}).forEach(printjson);" > out.txt
På en stor databas (många miljoner poster) kan det ta ett tag och att köra detta kommer att påverka andra operationer som människor försöker göra på systemet: