Jag löste problemet genom att installera den äldre versionen av mongodb på ett system för vilket det inte var ett problem att få det förpaketerat (nåja, Windows 10, även om det officiellt står att paketet är för Windows Server 2008), kopiera databasfiler (innehållet i /var/lib/mongodb ) där, kör den med --dbpath param (mongod --dbpath /path/to/dbfiles ), ställer in kompatibilitetsflaggan enligt dokumenten och kopierar slutligen db-filerna tillbaka till servern.
Skulle vilja veta om ett bättre alternativ, men det är bra att veta att db-filerna lätt kan överföras till ett annat system, till och med en annan arkitektur (db var dock relativt enkel och liten).