Om du inte är begränsad till att få frågan i ett enda steg kan du prova:
steg 1) använd aggregeringsfunktionen med operatorerna $unwind och $group för att hitta minimiobjektet för varje dokument
myresults = db.megas.aggregate( [ { "$unwind": "$items" },
{"$group": { '_id':'$_id' , 'minitem': {'$min': "$items.item" } } } ] )
steg 2) slingan genom resultaten och $dra elementet från arrayen
for result in myresults['result']:
db.megas.update( { '_id': result['_id'] },
{ '$pull': { 'items': { 'item': result['minitem'] } } } )