Jag tror att det finns en viss förvirring här.
mongod är "Mongo Daemon" är det i princip värdprocessen för databasen. När du startar mongod du säger i princip "starta MongoDB-processen och kör den i bakgrunden" . mongod har flera standardparametrar, som att lagra data i /data/db och körs på port 27017.
mongo är kommandoradsskalet som ansluter till en specifik instans av mongod . När du kör mongo utan parametrar ansluter den som standard till den lokala värden på port 27017. Om du kör mongo mot en ogiltig maskin:port-kombination kommer den att misslyckas med att ansluta (och berätta så mycket för dig).
Helst när du gör något annat än att bara "leka" använder du kommandoradsparametrarna för att starta mongod . På samma sätt bör du starta mongo skal med tydliga instruktioner.
Baserat på din beskrivning tror jag att du kan stöta på ett problem angående användningen av standarddatabaser. Testa att starta mongo med följande (där dbname är ditt databasnamn)
./mongo localhost:27017/dbname