Kanske din markör tog timeout på servern. För att se om detta är problemet, försök att ställa in timeout=False`:
for doc in coll.find(timeout=False)
Se http://api.mongodb.org/python/1.6/api/pymongo/collection.html#pymongo.collection.Collection.find
Om det var ett timeoutproblem är en möjlig lösning att ställa in batch_size (s. andra svar).